PSO2 ファンタシースターオンライン2 攻略 Wiki

正規のアークスになるべくプレイヤーは、アフィンと共に修了任務に挑むこととなった。
惑星ナベリウスに降り立つ二人は順調に任務を進める。しかし、突如としてダーカーの大群が現れ二人に襲い掛かる。未熟ながらも戦い振り切るも再び大群に囲まれ窮地に陥る。
そこへ駆けつけたのは、正規のアークスゼノだった。しかしゼノの予想以上にダーカーの数が多いため「助けの助け」と合流することに。
ゼノはプレイヤーを「肝が据わっている」と評すが、ふと「どこかで見た顔だ」と言われる。

合流地点に辿り着き、ゼノはエコーと通信を開始。
周囲のダーカーに攪乱されているため帰還転送ができないことが分かり、ゼノ協力により殲滅に成功。
エコーの待つキャンプシップに回収され戦地から無事生還を果たした。
転送される際、プレイヤーは「……助けて」という少女の声を聞くが……

修了任務を終えアフィンと別れた後、プレイヤーは謎めいた女性シオンと出会う。彼女からマターボードなるものを渡され、マター（事象）の回収を依頼される。
その後、プレイヤーは同じく修了任務から帰還したレダから助けを求める少女の声を耳にしたという話を聞く。
再びシオンと出会ったプレイヤーは、「ナベリウス」に向かってほしいと頼まれる。

言われるままナベリウスへ向かったプレイヤーを迎えたのはアフィンだった。それも彼の態度や振る舞いは修了任務の時に見せたものとまったく同じ。
文字通り修了任務の日へと戻ったプレイヤーは、いつぞや耳にした少女の声を聞く。
本来ならこのままゼノと合流するはずだったが、プレイヤーは少女の声が聞こえる道を進んでいく。
ダーカーの群れを突破した先で見つけたのは、意識を失い倒れている少女だった。

少女を保護するとアークスシップに帰還。少女はメディカルセンターに運ばれ、やがてフィリアから通信が入り目を覚ましたことを告げられる。
フィリアに呼び出されたプレイヤーは少女と再会。彼女は自らを「マトイ」と名乗った。
マトイは記憶喪失に陥っており、なぜかプレイヤーの名前を知っていた。多くの疑問を残したままプレイヤーはマトイと別れるのだった。

再び修了任務の日のナベリウスを訪れたプレイヤー。今度は人を探す何者かの声の方へ向かう。
その先にいたのは、仮面で素顔を隠した不気味な人物だった。主人公の姿を見つけるなり「貴様は…………殺す」と呟き襲い掛かってくる。
が、接敵の寸前で駆けつけたゲッテムハルトに助けられる。
同じく現れたメルフォンシーナが謎の人物のデータを調べるが該当者はなく、分が悪いと感じたのか件の人物は姿を消した。

地質学者ロジオの依頼を受けたプレイヤー。本来ならナベリウスの凍土の存在はあり得ない状態らしく、謎を解明しようとする彼に協力することとなった。
凍土に辿り着くなりプレイヤーは「何かを探すダーカー」を見かける。が、今は調査を優先させロジオに協力。依頼を果たして帰還した。
その姿を人知れず見つめる仮面の人物にプレイヤーが気づくことはなかった。

その後、同僚たちの話からダーカーが何かを探していることを確信し、プレイヤーは再びロジオの依頼を受けた日へと飛ぶ。
ダーカーが集まっている方向を辿った先には、武器の破片と思しき物体を発見する。手にした途端、先日遭遇した仮面の人物が現れる。
「それを離せ……」と迫られたところ、ゼノとエコーが救援に駆けつける。3人の力で仮面の人物を撃退し、無事に帰還を果たした。
武器の破片からは不思議な音が鳴っていたが、なぜかプレイヤーにしか聞こえなかったという。

フーリエの依頼を受けたプレイヤー。砂漠で行き倒れたところを謎の生物に救われたという。その存在を確かめるべくプレイヤーはフーリエと共に惑星リリーパの砂漠地帯へと向かう。
道中、破壊された無数のギルナスの残骸を目にする二人。奥へ進んだ先でリリーパ族?の姿を見つけるが、フーリエが声を掛けた途端姿を消してしまった。
まるで怯えているようだとプレイヤーは断じるが、リリーパ族に何があったのか、そして何を見たのかは誰にもわからなかった。

再びフーリエと共にリリーパの探索に訪れ、今度は以前より早い時間に調査に出かける。
砂塵の奥には機甲種を屠るゲッテムハルトの姿があった。この辺りで暴れていたのは彼だったのだ。
咎めるフーリエだがゲッテムハルトは「これがアークスの本分だろうが」と聞く耳持たず。
そこへ現れたリリーパ族を見るなりゲッテムハルトはダーカーの侵食疑いがあると断じ抹殺しようとする。
間一髪のところでフーリエが庇い、リリーパ族は事なきを得た。その姿を見たゲッテムハルトは興醒めしたと言い残し帰っていった。

助けたことでフーリエはわずかながらもリリーパ族から信頼を得たことを確信し、いつか必ず仲良くなってみせると意気込むのだった。

同僚のライトから行方不明になった女性科学者の捜索を頼まれたプレイヤー。科学者兼アークスのアキと接触したプレイヤーは、後日改めて彼女から依頼を受けることとなった。
アキの知的探求心に巻き込まれるままプレイヤーは惑星アムドゥスキアへ降り立った。
火山洞窟の龍族を調査していると一行の前にダーカーが現れる。それを無視して先へ進むと、荒れ狂うヴォル・ドラゴン?と遭遇。
激戦の末これを打ち倒すことに成功する。そこへ現れた龍族?と会話をしようと試みるアキだったが、「交わす言葉はない」とつっけんどんな対応を取られてしまう。
ヴォル・ドラゴンを倒してしまったことで怒りを買ったらしく、後味の悪さを噛みしめながら3人は帰還を果たした。

その後、プレイヤーはマターボードの力によってアキの調査に再び付き合うことに。
今度は隠れ潜んでいたダーカーと戦い、時間は掛かったものの殲滅。
そして奥地にて再びヴォル・ドラゴンと遭遇するが、今度は先日の龍族も一緒にいた。彼はヴォル・ドラゴンを「ロガ様」と呼び、怒りを鎮めようとしているようだが……
龍族はヒ・ロガを殺すことで止めようとするが、それを見咎めたアキの提案でプレイヤーたちが代わりに戦うことに。
辛くも勝利し、今度はプレイヤーのフォトンによってヒ・ロガを殺さず体内に巣食っていたダーカー因子を浄化させることに成功。
ヒ・ロガを救ったことで信頼を得、龍族は「ヒ・エン」と名乗ると「この恩は忘れない」とプレイヤーたちに感謝を示した。

刀匠と呼ばれた老齢のキャスト・ジグに以前手に入れた壊れた武器の破片を見せるプレイヤー。
するとジグは失っていた情熱を取り戻し、プレイヤーに残りの武器の破片を見つけるように依頼してきた。壊れた武器を修復しようというのだ。
ゼノのアドバイスを受け、仮面の人物も同じものを探していると踏み、姿を見せた場所を重点的に探すことになった。

惑星リリーパの地下坑道へ向かうと同じく探し物をしていたアフィンと遭遇。プレイヤーの手伝いをすると述べ、そのまま二人で探索をすることに。
しかし探し物は見つからず、居合わせたダーカーの群れを殲滅した後、帰還することとなった。

仮面の人物の目撃情報を受け、プレイヤーは浮遊大陸を訪れ、居合わせたゼノとエコーと共に破片の捜索を開始する。
道中で出会ったヒ・エンから龍族の大半がアークスを快く思っていないこと、またダーカーの侵食を受けて凶暴化していることを聞かされる。
ヒ・エンと別れた後、今度はコ・リウ?と遭遇。アークスこそがダーカーを呼び込む元凶と見て終始険悪な雰囲気を見せていたが、
アキにしつこくつきまとわれており彼女の気配を察知するなり姿を消してしまう。入れ替わるように現れたアキもコ・リウを追って走り去っていった。
結局探し物は見つけられず、ゼノの提案により帰還になった。

フーリエと共に改めてリリーパ族との親交を深めたプレイヤー。
再び過去の時間へと飛び地下坑道にてアフィンと共に破片の捜索を開始する。道中、出会ったフーリエを加え、リリーパ族に案内される形で一行は深部を目指す。
突如現れたトランマイザーを撃破し、プレイヤーはついに二つ目の武器の破片を見つけ出したのだった。

アキがコ・リウを追い掛けていたのはダーカーの侵食が深刻なレベルにあったからだった。単身でダーカーを倒していたコ・リウは体調を崩しており病に蝕まれていたのだった。
アキの頼みでプレイヤーは強力なフォトンを以ってダーカー因子を浄化。助けられたコ・リウはプレイヤーを「ロから伝えられし救世の存在」と口にする。

その後、再びゼノたちと共に浮遊大陸の捜索を開始。プレイヤーを待っていたコ・リウから「慣れ合うつもりはない、恩義は返すそれだけだ」と告げられ一行は龍族の頂点に立つ存在ロ・カミツ?の元へ案内される。
しかし道中、まるで見計らったようなタイミングで仮面の人物が姿を現し、プレイヤーへと刃を向ける。コ・リウは恩義に報いるべく仮面の人物の相手を引き受け、プレイヤーたちに先に行けと促すのだった。

ロ・カミツと顔を合わせるなり試練としてコ・レラ?を差し向けてくるが、プレイヤーたちはこれを撃退。
ロ・カミツから信頼の証として三つ目の武器の破片を送られた。

なお、仮面の人物はコ・リウとの戦いを得て撤退したという。

全ての破片を集めた後、ジグに届け修復作業が開始された。が、その最中夥しい数のダーカーがアークスシップを襲撃。しかもそこはジグの工房がある「テミス」という船だった。
出撃したプレイヤーは居合わせたメルフォンシーナと共に市街地を進み、六芒均衡の一レギアスと顔を合わせることに。
避難誘導の人手が足りないので手を貸してほしいと頼まれ、戦力的な序列からということでメルフォンシーナが手伝うこととなった。
その後、市街地で猛威を振るっていたボス格のダーカーを倒し、敵勢はアークスシップから撤退していった。

後日、ジグのもとを訪れたプレイヤーは、先日の事件の際に修復した武器を盗まれてしまったという話を聞かされる。
あの武器が何だったのか、誰が何の目的で盗んだのか、ジグは謝罪と共に気味の悪さを語った。

凍土にて単独調査を行っていたロジオが行方不明になるという事件が起こる。探しに向かったプレイヤーはサラという少女からリリーパ地下坑道へ行くことを示唆される。
そこにはフーリエに保護されたロジオが待っていた。彼が言うには調査中に何者かに襲われ、小さな女の子に助けられたという。
ロジオは凍土の原因を推理し、40年前に起こったダークファルスとの戦いが原因だと推測する。ダーカーの長たるダークファルスの人知を超えた攻撃が原因ではないか、と。

ナベリウスの奥地、「遺跡エリア」の探索に向かうプレイヤー。居合わせたゼノとエコーと合流し、3人は遺跡深部を目指す。
突如、大地が鳴動をあげ雰囲気は一転して異様なものに。そこへ現れた六芒均衡の三「カスラ」から頼まれる形で手を貸すことに。

石碑のある深部ではゲッテムハルトと、修復された武器を手にしたメルフォンシーナが待っていた。ジグの工房から武器を盗み出したのはこの二人だったのだ。
カスラはその武器を見て「クラリッサ」と呟き、メルフォンシーナとクラリッサを引き剥がすように言う。しかしゲッテムハルトの妨害により近づくことができず膠着状態に。
戦いの最中、ゲッテムハルトはメルフォンシーナの腹部を穿ち、生贄に捧げることで石碑に閉じ込められていたモノの封印を解いてしまう。
あの石碑には40年前に倒されたはずのダークファルスが封印されていたのだった。ダークファルスは倒せないという事実を隠すため密かに封印し、ナベリウスを安全な惑星と偽ることで興味の対象にならないように隠していたのだ。

蘇ったダークファルスはゲッテムハルトの闘志に引き寄せられ、彼を依代にする形で復活。自らをダークファルス【巨躯】と名乗った。
プレイヤー、ゼノ、エコー、カスラの4人掛かりでやっと互角という状況の中、メルフォンシーナの身を案じたゼノが足止めを買って出る。カスラもまたゼノに続く形で足止めを引き受け、プレイヤーとエコーはメルフォンシーナを連れて撤退。
キャンプシップに戻った直後、惑星サイズの完全体となった【巨躯】がナベリウスを飛び立つのを目撃する。エコーは通信でゼノに呼び掛けるが返事が返ることはなかった……。

惑星ナベリウスを飛び立った【巨躯】は完全体であるダークファルス・エルダーとしての姿を現し、オラクル船団に接近。プレイヤーらアークスは【巨躯】を迎撃するべく出撃することとなる。
惑星規模の巨体を誇る【巨躯】の肉体を構成するファルス・アームを撃破し、体積を減らすことでようやく【巨躯】と戦うことが可能となる。
体積を失った【巨躯】とプレイヤーらアークスの真っ向勝負となり、
プレイヤーらの活躍により【巨躯】はその身を砕かれ崩壊したが、内部に潜んでいた本体には逃げられてしまう。
自分を打ち倒したプレイヤーの実力を認め、撤退した【巨躯】は死ぬまで幾度でも闘争を挑むことを告げるのだった。

直後、【巨躯】の周りに現れる黒衣の男女たち。そこにはあの【仮面】の姿もあった。彼らこそアークスやフォトナーの肉体を依代として活動するダークファルスたちであった。
【巨躯】は【仮面】の姿を見ると見覚えのないダークファルスであることに不審を抱くが、愉しませてくれるならなんであろうと構わないと正体に関しては捨て置いた様子だった。

結局ゼノは消息不明のままとなり、戻ってきたのはカスラだけだった。
【巨躯】の復活で騒がれる中、暴走龍クローム・ドラゴンの出現と研究室の崩壊、そして新アイドル・クーナのライブでアークスシップは持ちきりになっていた。

偶然クーナと顔見知りになったプレイヤーは彼女から様々な依頼（無理難題）を出され、クリアしていくうちに腕前を見込まれるようになった。
更に暴走龍ハドレッド?なる個体を追っている謎の少女とも顔見知りとなり、プレイヤーはたまたま少女が歌を歌っている場面に出くわす。
直後、ダーカーの襲撃を受ける少女だったが突然現れたハドレッドにより事なきを得る。ハドレッドに助けられる形になった少女は理由を問うが、暴走龍は答えることなく姿を消した。

ロビーに戻ったプレイヤーはクーナと再度接触。謎の少女とクーナが歌っていた歌詞は同一のもの。そう、クーナにはアイドルとしての表の顔と、ダーカー専門の始末屋という裏の顔があったのだった。

そんな折、市街地がダーカーの襲撃を受ける。迎撃するべく出撃したプレイヤーは裏の顔のクーナと遭遇。クローム・ドラゴンはダーカーを喰らう性質があるため、ハドレッドもここにいるのではと来ていたのだった。
ハドレッドがクーナの歌に引き寄せられることを見抜いたプレイヤーの提案と、カスラの協力によりハドレッドを誘き出すことに成功。プレイヤーとクーナはハドレッドと戦うもまたもや逃げられてしまう。
クーナは今までハドレッドをただの裏切り者としか見ていなかったが、プレイヤーの言葉によりハドレッドが裏切った理由を考えるようになり、彼の行動には自分を護ろうとしたなにかがあったのだと推察するようになっていた。

再びクーナの歌を用いてアムドゥスキアの浮遊大陸にハドレッドを引き寄せるプレイヤーたち。決着をつけるべくプレイヤーとクーナは戦い抜き、ついにハドレッドを打ち倒すことに成功する。
「弟」との最後のさよならを得てクーナは「自分の意志で考える」ことを学び、協力してくれたプレイヤーに感謝を述べ、立ち去っていった。
設定資料によれば、ハドレッドは本来ならクーナが受けるはずだったダーカー因子を取り込む実験を引き受け、多量の因子を取り込んだことで暴走したと記載されている。

【巨躯】の復活に困惑するアークスたちを鼓舞するべくヒューイにより戦技大会なるものが開催された。プレイヤーはマターボードを用いて様々な人物とパートナーを組み参加することに。

戦技大会終了後、ロビーにてヒューイから質問を受ける。何のために戦っているのか？と。
どれを選んでも特に問題はなく展開も殆ど変わらない。

シオンから呼び出されたプレイヤーはショップエリアにて虚空機関の総長ルーサーと邂逅する。
口ぶりから彼はシオンとプレイヤーが行っていること（歴史改変）をなんとなく察しているようだ。
ただし作成されたキャラクターの時期により歴史改変云々の台詞はカットされている。

その後、新たに発見された惑星ウォパルにてプレイヤーはエコーと遭遇。ゼノの代わりになるべく不適合なハンターをやる彼女を手伝っていると
カブラカンという原生生物と遭遇。彼はつがいであるカマロッツを探しにきたという。
気になったプレイヤーはエコーたちの手伝いをすることに。
オルグブランの巣に迷い込んでしまったカマロッツを救助し、二人のアークスはカブラカンからお礼を言われるのであった。

先日のダーカー強襲によりウルクを失ったことで、同僚のテオドールはダーカーへの憎しみを胸に戦う狂戦士と化していた。
気になったプレイヤーは彼と共に惑星ウォパルの海岸に現れたダーカーの掃討に手を貸すことに。
一掃した直後、虚空機関の総長ルーサーが一行の前に現れる。彼はテオドールに「六芒均衡を越える力が欲しくないかい？」と問い掛ける。
頷くテオドールを止めようとするプレイヤーだったが決意を翻すことはできず、二人はその場から立ち去っていった。

龍祭壇で出会ったシャオから、不思議な光を授かる。この光の詳細については不明だが、これを受けてからは歴史改変中にもシャオの声を聞くことが可能となっている。
シャオのアドバイスに従ってゼノの救出をするべくマリア、サラと合流し再び【巨躯】と交戦。初戦では歯が立たなかったものの主人公の「能力」とマリアの力により後一歩のところまで追い詰める。
しかし突如として現れた【仮面】の妨害により失敗。【巨躯】は封印されていたファルス・アームの群体を解き放つと完全体へと移行しナベリウスを飛び去って行った。
設定資料集によれば、プレイヤーが【巨躯】相手に見せた「力を奪う」能力はアークス全員が持っており、プレイヤーとマトイは特別にその力だ強いだけとのこと。シャオが与えた光は関係ないようだ。
ゼノを救出する闘いでは【巨躯】を相手に無意識に能力を発動させた、と資料には記載されている。

キャンプシップごと謎の空間に転移させられたプレイヤーは、同じく転移してきたメルフォンシーナと出会う。
彼女と共にダーカーの巣窟を進んでいくと、メルフォンシーナと瓜二つのクローンが現れる。それを消し去るメルフォンシーナ。
しかし、クローンはまるで亡霊か幻影のようにいく先々で現れ続け、メルフォンシーナに向けて自らの過去を語り出す。
それはメルフォンシーナが犯した過ちと後悔だった。10年前の戦いの際、彼女は恋い焦がれていたゲッテムハルトの後をついていき、無謀にも【若人】に戦いを挑んだのだ。
設定資料によれば、これは姉である「シーナ」と同じことが自分にもできるという思い込みからの行動だったという。
妹を庇って姉は死に、その結果ゲッテムハルトは狂ってしまった。やがて彼は彼女を「シーナ」と呼ぶようになり、彼女もまた「シーナ」としてゲッテムハルトに付き従っていたのだった。
最奥にて二人は【巨躯】と再会する。ゲッテムハルトを取り戻そうと激昂するメルフォンシーナだったが、二人掛かりでも【巨躯】には歯が立たず劣勢を強いられる。
【巨躯】に見逃される形で難を逃れた二人はアークスシップに帰還。唯一過去を知ったプレイヤーに、メルフォンシーナは【巨躯】を打ち破るべく力になることを告げた。

惑星リリーパの採掘場の調査に着たプレイヤーだが、本来なら全員に通達されるはずの通信内容がプレイヤーにだけ送られてこなかったという。
ルーサーによる露骨な嫌がらせにも挫けず調査を進め、何かに警戒するリリーパ族のことが気になるフーリエ、【若人】の姿を探し求めるアフィンと出会う。

フーリエから調査の手伝いを頼まれたプレイヤーは採掘場の奥でマリアと遭遇する。先日の【巨躯】との戦いで無茶をしたため身体には負荷が残っており、本来の力が出せない状態だという。
三人は奥地にて封印された肉体を探して破壊活動をしていた【若人】と出会う。彼女は「（理由もなく）ダーカーだから殺すアークスは自分たちと似ている」と言い放つ。
否定しつつも困惑するフーリエだったがそこへ巨大機甲種ヴァーダーソーマが現れ一行は交戦。その間に立ち去る【若人】。
何を信じればいいのか迷うプレイヤーとフーリエに、マリアは「他人の言葉ではなく自分で決めな」と諭すのだった。

単独行動するアフィンが気になったプレイヤーは彼の後姿を追いかけ合流。二人で【若人】を追うことに。
奥地にて【若人】と遭遇し、アフィンはその身体が自分の姉ユクリータのものであることを告げ返すように言う。
その名を聞いた【若人】は何かを思い出しかけたように狼狽する。そこへ大型ダーカーブリュー・リンガーダが現れ二人に襲い掛かる。
その様を見た【若人】は「あいつの眷属……余計なことを」と吐き捨て姿を消した。

戦いが終わり、アフィンは【若人】が自分の姉ユクリータであることと確信する。面影だけを残して中身は別人になってしまった姉を見て嘆くアフィンに、
慰めの言葉を掛けるプレイヤーだったが「あいつはダークファルスだ」と聞く耳持たず。
残酷な事実を知った上でどうすればいいのかわからず、アフィンは一人に刺せてほしいと告げて立ち去っていった。

プレイヤーは海底の施設の調査に向かうエコー、ルーサーの施設を調べようとするサラから手伝いに誘われる。

エコーと共に調査に向かった先で再びカブラカンと出会う、彼の案内で奥地にある施設へと向かう。
そこで遭遇したビオル・メデューナを沈黙させると突然二人の人物が現れる。それは虚空機関の長ルーサーと、人体実験によってデューマンとなったテオドールだった。
テオドールはビオル・メデューナを一撃で消し飛ばすと自分が手に入れた「力」を誇り、敵対する全てを殺し尽くしてウルクに捧げると言い放つ。
ルーサーもまたエコーに目をつけ「大した力を感じないからこそ改造のしがいがある」と述べ、テオドールと同様に誘いを掛けるがその人間性を見抜かれ拒否される。
ルーサーとテオドールは何事もなかったかのように立ち去り、一息つく一行。しかしカブラカンだけはおびえた様子を見せていた。ルーサーを見てから震えが止まらないのだという。
心配したエコーはこれ以上の調査は無理と帰還を提案するのだった。

サラと合流したプレイヤーは海底に点在する施設が元々あったもので、ルーサーが後から手を入れたものだと知る。
二人は更に奥地にてビオル・メデューナを撃破。直後、何者かの気配を感じたプレイヤーはサラを連れて物陰に隠れる。
入れ替わるように現れたのはルーサーとテオドールだった。どうやらテオドールの「力」の実験のため海王種で力試しを行っているようだ。
シオンやアークスについて語るルーサーだが、テオドールは「僕にはわかりません」と答え、会話が成立しないまま二人は立ち去っていった。

ウルクの死に不審を抱いたプレイヤーはレギアスから話を聞き、彼が出撃を禁じられた地区のことを知る。
マターボードの力によって「ダーカー強襲」の日に戻ったプレイヤーはサポートパートナーと共に市街地を行き、レギアスが立ち入れなかった地区を目指す。
その地区を襲撃していたのは、この時点ではアークス側に存在が確認されていないはずの有翼系ダーカーの群れだった。
サポートパートナーには時折シャオがハッキングする形で操作し、協力していた。
墜落した戦闘機の前では今まさにウルクがダーカーの手に掛かろうとしていた。間一髪で助けたプレイヤーは彼女を保護して市街地から脱出するのだった。
このままオラクルに戻るのは危険だとシャオは判断し、ウルクの身柄は彼のもとで保護されることとなった。

プレイヤーとマトイの前にシオンが現れ、「マザーシップ中核に来てほしい」と告げる。二人が向かった直後、
レギアスによる演説と「絶対令（アビス）」の行使が行われ、正規・研修生を問わずアークスたちの殆どが洗脳されプレイヤーとマトイを始末するべく攻撃を仕掛けてきた。
設定資料によれば「アビス」とはアークス登録時、遺伝子に刻まれるリミッターだという。六芒均衡は（理由は不明だが）この影響を受けないため「均衡」になっているという。

多数のアークスたちを打ち倒した先で二人は同僚であるオーザ、マールー、リサ、そしてフーリエと遭遇。
アビスに操られるままプレイヤーを殺そうと襲い掛かってくるが戦局はプレイヤー側の優勢となる。力を認めながらそれでも戦い続けようとする4人に対し、
マトイが無意識に発動させたアビスにより4人は解放される。直後、そこへダーカーの軍勢が現れる。足止めを四人に任せプレイヤーとマトイはマザーシップ中核を目指す。

道中でエコー、マリア、ヒューイの3人と合流。広間で待ち受ける「三英雄」レギアス、カスラ、クラリスクレイスと対峙。
双方とも本気は出せず五分と五分の死闘を繰り広げる中、エコーがカスラの手に掛かりかける。そこへドンピシャのタイミングで駆けつけたのは戒剣ナナキを手にしたゼノだった。
ハンターでの経験とレンジャーの才能を合わせ、ナナキという新たな力を手にしたゼノとコンビを組みプレイヤーは再び三英雄に戦いを挑む。
しかしそこへ横やりを入れたのはルーサーだった。彼はプレイヤーたちも三英雄もまとめて始末しようと多数のクラリスクレイスのクローンを投入。
敵も味方もなく攻撃するそのやり口に激昂したヒューイは、レギアスに対して「（まだルーサーに組するなら）殺すぞ」と言い放つ。ここに至ってレギアスはようやく本心を語った。
ルーサーの持つ絶対的な権限によりオラクルはいつでも滅ぼせる状態になっていた。オラクルそのものを人質に取られたため、言われるまま傀儡になっていたがこうなった以上は意味がないと反旗を翻し、プレイヤーたちに加勢する。
クローンの足止めを彼らに任せ、プレイヤーとマトイは先へ進むのだった。

そしてマザーシップ中核目前にて最後の壁としてテオドールが立ちふさがる。才能と改造と狂気によって得た力もプレイヤーとマトイには及ばず劣勢となるが、
それでも戦いをやめずテオドールは自分が死ぬまで戦い続けるつもりだった。
そこへサラの協力により乗り込んだウルクが現れる。テオドールはウルクの存在を受け入れられず暴走するが、最終的にはウルクの想いが勝りテオドールは本来の自分を取り戻した。
こうして二人は再会を喜んだ末に気絶したのだった。

気絶したテオドールとウルクは駆けつけたサラに任せ、プレイヤーとマトイはついにルーサーと対峙する。
そこではルーサーによって囚われたシオンがいた。今まさに彼女はルーサーの手によって取り込まれる寸前となっていた。
ルーサーの目的とは惑星シオンを吸収し自らが膨大な知識と演算を持つ「全知存在（アカシックレコード）」となることだった。
なお、設定資料によればシオン＝全知存在というのはルーサーの思い込みに過ぎないという。
ルーサーはオラクルの管制を握っており、重力制御によってプレイヤーとマトイを無力化。シオンとの合一を開始し、もうオラクルには用がないと生命維持装置を停止させ滅ぼそうとする。
しかし吸収されたシオンの妨害によって管制は失われ、シオンはプレイヤーをここまで導いた真の目的を語る。
ルーサーが自分を取り込めばオラクルを滅ぼすのは目に見えていたため、プレイヤーの手によって討たれることを望んでいたのだった。それも管制を無効化するために取り込まれるタイミングで。
戦いの末ルーサーを押し返し、プレイヤーの手によってシオンは葬られた。そこへ失われた管制と演算はシャオによって引き継がれ、秘密裏に建造されていたマザーシップⅡが姿を現す。
こうしてオラクルの滅亡は回避され、まんまと出し抜かれたルーサーは全知にもなれず管制も失った。
絶望と怒りの余り狂ったルーサーは今までの余裕を失いプレイヤーを殺そうとするが、そこへクーナとゼノが駆けつける。
そしてルーサーはその絶望によって内に潜んでいたダークファルス【敗者】が表面化。ダークファルスとしての本性を現し一行を皆殺しにするべく襲い掛かってきた。
設定資料によれば【敗者】はルーサーに憑依するも逆に支配されてシオンを取り込むために利用されていたとのこと。上述のように激しい絶望によって【敗者】が表出したという。

互角の戦いの末【敗者】はマザーシップそのものを侵食することでアークスたちを皆殺しにしようとする。絶体絶命の中、【敗者】を押しとどめたのはシオンの残留思念とフォトナーたちの意識だった。
脱出するプレイヤーたちに向けてシオンの想いは告げる。
「立ち止まらず、振り返らず、前だけ見て未来へ進め。今この瞬間、私は寂しくなかったぞ」

アークスたちが脱出した直後、【敗者】の侵食によってマザーシップは巨大なダーカー要塞へと変貌。シオンの残留思念とフォトナーたちを取り込んだことで【敗者】は完全体へと移行した。

ダーカー要塞と化したマザーシップはオラクルに向けて接近を開始。プレイヤーらアークスは40年に渡ってアークスという組織を支配していたダークファルスに挑む。
シップ内に点在する眷属ダーカー「アポス・ドリオス」を倒すことでダークファルス【敗者】の居場所を特定することになる。ただし時間内に規定数を討伐できなければ偽物の【敗者】が登場する。
ついに姿を現した【敗者】は完全体であるダークファルス・ルーサーの姿でプレイヤーらと交戦するが、「敗者」に勝ち目などあるわけがなく、
死闘の末、戦いはアークスの勝利に終わった。この戦いの際、プレイヤーの能力が発動し【敗者】の力を削いでいることが窺える。
密かに生存していた【敗者】は屈辱に塗れながらもいつか全知を手にすることを独白し、闘争を目論む。
だがそこの行く手を阻んだのはレギアスだった。【敗者】は彼に「初代クラリスクレイス（レギアスの友人のアルマ）」を生き返らせるという話を持ち掛け懐柔しようとするが、
ダークファルスである彼がアークスのレギアスを従えられるわけがなく「世果」の一刀により胴体を斬られ、倒された。
ダークファルスへと堕ちたフォトナーを粛正したのは、皮肉にも彼らが生み出したアークスという存在だった。

しかしその漁夫の利を得るべく現れたものがいた。突如として現れたダークファルス【双子】は【敗者】の肉体を喰らい、無数のクローンを生成。レギアス、マリア、サラはそれぞれ交戦するが、
サラの実力では到底抗えず窮地に陥る。直後、間一髪のタイミングで駆けつけたプレイヤーによって【敗者】複製体は素手で撃破された。残りのクローンもレギアスとマリアに敗れ、劣勢と見たマリアの手によって一行は戦地を脱出した。
ただし後のルーサーの台詞によれば、この模倣体は本来の【敗者】よりもかなり劣化しているとのこと。怒りを通り越して悲しくなるとルーサーにコメントされている。

ダークファルスには生みの親である上位存在がいることがシャオの口より判明する。
その名は【深遠なる闇】。全てのダークファルスとダーカーを生み出し、この宇宙の全てを侵食することでフォトンとそれを扱う者を抹消しようとする全ての命の敵。
当時のフォトナーたちによって封印されたと言うが、どこにどうやってしたのかはシャオでも知らなかった。

ルーサーが消え去ったことでアークスは新たな道を歩むこととなり、体制を整える必要があった。
手始めに一切の素性が不明なマトイの過去を知るべくシャオの導きによってプレイヤーは10年前に遡る。本来ならマターボードの力だけでは移動できないらしいが、プレイヤーには時間遡航（じかんそこう）の適性があったらしいことをシャオが述べており、
「シオンが君を選んだのはそれを見越していたからかもしれない」と推測している。

この時代で事象(マター)を回収する最中にレギアスと研修生時代のゼノの2人と顔を合わせることになり、
プレイヤーが後に「その顔、どこかで…」と度々言われる事になるのはこの出会いが理由となっている。
また、ゼノと対峙していた原生種をやっぱり素手で軽くいなしており、その手腕に感動したゼノから「師匠」と呼ばれるようになった。
「師匠」としてプレイヤーは自分が先輩（ゼノ）から教わったことを少年ゼノに教えることとなった。
【EP1】で度々行われたゼノの師匠語りにおける師匠の正体とは、他ならぬプレイヤーの事である。レギアスも「その顔どこかで……」と言っていたのは過去でプレイヤーと出会っていたからだった。

10年前の時代ではマトイ――かつての二代目クラリスクレイスとも知り合い、触れ合い、仲を深めていく。
そして迎えた運命の日、【若人】によるアークスシップ襲撃。その最中、【仮面】の登場により彼女は剣で胸を貫かれ、致命傷を負ってしまう。どういうわけか【仮面】の容姿やパラメーターはプレイヤーとまったく同じものだった。
ガンスラッシュを手に主人公は自分と瓜二つの容貌である【仮面】と互角に渡り合うが、
二代目クラリスクレイスに起こった異変により凄まじい力の奔流が発生し、その影響で元の時代へ戻れなくなるリスクがあったことでシャオにより強制送還となり、結果的に引き分けとなった。
強引に元の時間へ戻されたことでマトイも巻き込まれてしまい、こちらの時間に来てしまい、10年後の修了任務の日に出会ったというのが真相だった。
そして終了任務のダーカー襲撃もマトイを探していた【仮面】によるものであった。

時間移動の最中、プレイヤーはシオンより自分が犯した罪（マトイを犠牲に仕掛けたこと）を語られ、後の運命を託されることとなった。
10年前に起こった出来事の記録や記憶がないのはシオンによるものだったことが判明し、プレイヤーとシャオはマトイが膨大なダーカー因子を内在していること、
そして何かのひずみでいつ【深遠なる闇】になってもおかしくないことを知る。

惑星ハルコタンでは【双子】率いる黒の民が白の領域に侵攻し戦場と化していた。
ダーカーまで戦場に現れたことでプレイヤーとマトイは放っておけないと判断し白の民の加勢に加わる。
戦いの最中、灰の巫女と呼ばれるスクナヒメと出会い、襲撃してきた黒の民と【双子】は彼女の手によって遠くへ飛ばされた。
以降はスクナヒメやその守人コトシロと交流を深めつつダークファルス【双子】との戦いに突入することとなる。

舞台は一時ハルコタンから離れ、【敗者】の死に呼応するように現れたウォパルの浮上施設へ。
露骨にクラリスクレイスを避けるサラ。そんな二人を仲良くさせるためにプレイヤーはヒューイから「無理やりにでも仲良し大作戦」につき合わされることに。
プレイヤーはサラとクラリスクレイスを伴い、カブラカンの案内により浮上施設のデータ収集に向かう。
そこに記録されたルーサーの人体実験データやサラの口からクラリスクレイスとの関係が明かされる。
かつて主人公にクラリッサを手渡した少女こそサラであること、その後ルーサーによって拉致され実験データから生まれたのが現在のクラリスクレイスだった。
サラが彼女を避けるのは、「自分せいで生まれてしまった」という「罪悪感」が原因だった。同時にその現実から目を背けず、原動力とするためにクラリスクレイスのことはいつも密かに見守っていたという。
そのことを聞いたクラリスクレイスは激昂し、「私を許してくれたヒューイとプレイヤーに申しわけが立たない」「だから私は私を許すことにした」「クローンもオリジナルも関係ない。私は私、貴様は貴様だ」とサラに叩きつける。
互いの本音をぶつけ合った結果、二人は一先ず姉妹のような関係に落ち着いた。

ヒューイの裏で糸を引いていたのは実はマリアだった。二人の密会現場にプレイヤーは現れ、「いい迷惑だ」or「どっちもどっちだ」と珍しく苦情を叩きつけたのだった。

惑星ハルコタンは常に表裏一体。生を司るスクナヒメと対となる死を司る「マガツ」という存在が封印されてた。
星を滅ぼすほどの強大な力を持った存在であり、本質的にはダークファルスと変わらないという（設定資料より）。
【双子】が暴れ回ったため封印が弱まり、その間隙を突くように白の領域に黒の民とダーカーの軍勢が襲来。プレイヤーはマトイと共にマガツの封印強化に協力することに。

封印の地にて敵勢を避けた二人の前にスクナヒメが応援に現れる。封印を施そうとした直後、スクナヒメ目掛けて頭上から何者かが襲来する。間一髪でスクナヒメを助けるプレイヤー。
果たして落下してきたのは10年前にアークスシップの市街地を襲った【若人】だった。マトイを見るなり憎悪の呟きを漏らし襲い掛かってくるが、スクナヒメの手によって吹き飛ばされ事なきを得た。
しかし半端な状態で再封印をしたためマガツの一部が解放されてしまった。この後、緊急クエスト「顕現せし星滅の災厄」及び「顕現せし星滅の災厄」にて再封印のためマガツと戦うこととなる。

封印から解かれたマガツは手始めに白の領域を襲撃。プレイヤーたちはA.I.Sの準備ができるまで生身の白兵戦を挑むこととなる。
後に実装された「顕現せし星滅の災厄」ではA.I.Sに搭乗して三体の強力なマガツと交戦することとなる。
時間内に倒せなければ取り逃がしてしまうが、全て撃破できればマガツは逃げる手立てを失い、スクナヒメが張った陣の影響で自然封印されることとなる。
なお、EP3設定資料集によればマガツは本質的にはダークファルスと変わらない存在と記されている。

ロジオの観測結果により【若人】が採掘基地を襲撃するタイミングを知ったプレイヤーはリリーパに出撃。そこでは同じく姉の存在を感じ取っていたアフィンの姿があった。
そこへメルフォンシーナも現れ、姉の姿を探し求めるアフィンを「私の写し鏡」と見て放っておけないとプレイヤーに告げ、3人は採掘基地を襲撃したダーカーを迎撃することに。
3人はダーカーの群れと戦い抜き、撤退した【若人】を追う。その先では封印された自分の力を感じ取れず狼狽する【若人】がいた。
彼女に向けてアフィンは10年前に起きたことを語る。突然現れた黒い影に連れ去られただけで、身体を乗っ取られたわけではないと。
それに伴い【若人】はあの日の真実を思い出す。ユクリータに憑依しようとしていた【若人】は寸前で突如として現れた【双子】によって喰われてしまい、憑依途中だったユクリータには【若人】の因子が微量に残ってしまった。
その後、【双子】によって拉致されたユクリータは記憶と心を操られ、更には【若人】として育てられたことが判明する。そして市街地を破壊しゲッテムハルトから大切な人を奪ったのも【双子】の仕業であった。

そこへ【双子】が現れ、思うままに操れなくなった偽物の【若人】に【若人】の模倣体をけしかける。そのとき、【若人】複製体を撃破したのはなんと【巨躯】だった。
憑代となったゲッテムハルトの憎悪に呼応し、【巨躯】は【双子】に対して強い敵意と殺意を向ける。更にはシャオから要請を受けたゼノまで駆けつけ、
プレイヤーはゼノ、メルフォンシーナ、そして【巨躯】の3人と共に【敗者】複製体、【若人】複製体と戦うことに。

戦いの最中、【双子】はメルフォンシーナを喰らおうと狙いをつけるが【巨躯】に庇われたことで難を逃れる。
【双子】の腕を掴んだままゲッテムハルトの人格が現れ、メルフォンシーナに「オレのようになるんじゃねえぞ、ディア」と言い残し、
力尽くで空間を潰して【双子】と共に強制転移を敢行。最期の最期に本来の自分を取り戻し、「メルフォンシーナ」の呪縛から彼女を解放させた。
以後は本名である「メルランディア」を名乗るようになる。しかしまだ自分の境遇を受け入れられない【若人】は本当の自分を求めてその場から立ち去ってしまう。

亜空間から帰還したのは【双子】だった。転移した先で【巨躯】は【双子】に喰らわれたことが語られた。

黒の王に手紙を送ったスクナヒメだったが返事は来なかった。そこでプレイヤーとマトイはスクナヒメに伴う形で黒の領域へ足を運ぶ。
しかし、そこにいた黒の王はもう黒の王ではなかった。既に全ての黒の民は【双子】に捕食され命令に従う複製体へと変貌していたのだった。
スクナヒメを逃がそうとする黒の王の複製体を消滅させ、入れ替わるように現れた【双子】によってプレイヤーとマトイは体内に取り込まれてしまう。

【双子】の内的宇宙にて二人は意外な人物と遭遇する。それは半年前に【双子】に喰われたはずのルーサーであった。
(設定資料の記述から推測すると、既にルーサーと【敗者】は分離されているとも解釈することが出来るが、詳細は不明である。)
「シオンのいなくなった世界に興味はない」と言い、二人の案内役を買って出るルーサー。道中で【深遠なる闇】の正体がシオンを模して生まれた人造全知存在（アカシックレコード）であること、
それがフォトナーたちの負の感情により変異したのが【深遠なる闇】であることを明かす。
既に【双子】は全てのダークファルスを喰らい力をつけてしまっている。このままでは【双子】が新たな【深遠なる闇】となり、滅びは避けられないことを語る。
しかしそれでも諦めず、フォトナーであるルーサーを越え、未来へ進もうとするプレイヤーとマトイ。そんな二人にルーサーは力を貸し、二人を体内から脱出させた。
その際には二人と、そして全てのアークスに向けて「出来損ないの最高傑作」という言葉を手向けた。

設定資料によればこの台詞は、フォトナーより劣ると考えていたアークスそのもの向けた言葉であるという。
同じく設定資料には「出来損ない」と書いて「最高傑作」と読むと記載されている。

採掘基地から去った【若人】。それを追い説得を諦めないアフィン。そこへプレイヤーが現れた途端、【若人】はアフィンを人質に取り自分に向けてフォトン攻撃を撃つように命令する。
プレイヤーのフォトンはアフィンと【若人】を容赦なく打ち抜いた。結果、アフィンは大した怪我もなく、【若人】もまた衣服が破れたもののダメージは殆どなかった。
それはつまり彼女が【若人】ではなく、ニューマンの少女「ユクリータ」であることの証明だった。
プレイヤーのフォトンによって因子は浄化され【若人】からユクリータへと戻れたが、彼女はダークファルスでもアークスでもない現実に惑わされ、行く当てもないまま立ち去ってしまった。

その後、黒の民が滅びたという事実を知ったスクナヒメは単身仇討ちのため黒の領域へ。しかし彼女はマガツの再封印のため本来の力が引き出せない状態だった。
スクナヒメを助けるべく黒の領域へ向かおうとするプレイヤーとマトイ。そんな二人の前に現れるシャオ。ダーカーやダークファルスとの度重なる戦闘によって多量のダーカー因子が蓄積しており、マトイ同様いつダークファルス化してもおかしくない状態になっている。
それでもスクナヒメを見捨てられなかったプレイヤーはシャオを説得し、黒の領域へ出撃。危機に陥ったスクナヒメを助け、更にはコトシロの要請に応えた白の民の協力により【双子】への道が開かれた。

王の間にてついに【双子】と対峙するプレイヤーとマトイ。マトイはかつての記憶を取り戻し、強い敵意を【双子】へと向ける。
「化け物同士」の戦いを制したのはプレイヤーとマトイだった。【双子】はプレイヤーがダークファルスたちの闇を喰らうほどの力を持った存在だと身を以って知り、
自害する形で大量の闇をマトイに向けて放つ。咄嗟にプレイヤーが身を挺してマトイを庇うも、これがトリガーとなり【深遠なる闇】になりかけてしまう。
だがマトイがクラリッサの力を使いプレイヤーに蓄積されていた全ての闇を吸収。「一番大切な大好きな人」を守るために犠牲となったマトイは、最後に「ごめんなさい」というもプレイヤーは意識を失ってしまった。
そこへ現れたサラに向けてマトイは「さようなら」を言い残し姿を消してしまった。プレイヤーもサラによって回収され医務室へと運ばれた。
誰もいなくなった王の間に現れた【仮面】は、密かにクラリッサを回収するのだった。

ストーリークリア後、シップ内のほぼ全NPCの台詞が変化している。会話内容から察するにプレイヤーには現在休息が言い渡されているようだ。

ナベリウスの「約束の地」にて【仮面】と合流したプレイヤーは、そこで【仮面】の生まれた理由を知る。
マトイが【深遠なる闇】と化す未来は避けられないものであると悟ったプレイヤーは【仮面】とともにマトイを救う（倒す）道を選んだ。

対峙してもなおとどめを刺す事を躊躇うプレイヤーであったが、隙を突いてマトイを羽交い絞めにした【仮面】の言葉に覚悟を決め、手にしていた大剣コートエッジで2人を貫く。
苦しみから解放され、光となって消えた2人を見送ったプレイヤーはナベリウスを去っていった。マトイを救えなかった絶望と悲しみによって、プレイヤー自身が新たなダークファルス【仮面】として……
設定資料集によれば、【仮面】の存在はあくまで並行世界における可能性の一つでしかなく、今回のルートAの結末はプレイヤーそのものではなく【仮面】の過去の一端である。

ナベリウスの「約束の地」にて【仮面】と合流したプレイヤーは、そこで【仮面】の生まれた理由を知る。
マトイが【深遠なる闇】と化す未来は避けられないと諭されるも、それでもなおマトイを救う（取り戻す）事を諦めずに【仮面】と対立。互角の死闘の末、【仮面】を説得し2人で彼女を真の意味で救う覚悟を見せた。

仲間の協力を経てマトイの元に辿り着いたプレイヤーは彼女に呼びかけるが、マトイはアンガ・ファンダージと合一を行い、ヴィエル・ヒューナルとなって襲い掛かってきた。
戦いの最中、プレイヤーはマトイの変身を解かせ沈黙させることに成功する。足元に落ちていたソードを拾い、マトイに刃を向けるが…………
マトイを殺すことはできず、剣を下ろしてマトイの手に掛かることを選ぶプレイヤー。最後まで「優しさ」を貫くその姿はマトイに本来の自分を取り戻させ、「これが最後のチャンス」と自分を殺すように懇願してきた。
プレイヤーが拒否をするとマトイはアンガ・ファンダージに命じて自らを滅ぼそうとする。しかしプレイヤーはそれすらも阻止しようと身を挺して彼女を護ろうとする。
「自分にはできなかったこと」をするプレイヤーを見た【仮面】は、己の過ちを受け入れ、クラリッサに宿っていたシオンの思念の力を用いてプレイヤーとマトイの闇を自らの身に移植したのだった。
精神世界にてプレイヤーとマトイは【仮面】とシオンの思いの二人と邂逅。シオンの演算を以ってしても予測できなかった未来を紡いだプレイヤーに対し、「新たな未来を紡ぎ全知の先へ進んでほしい」と告げた。

【仮面】およびクラリッサに眠っていたシオンの残滓（マトイを案ずる思い）と邂逅。彼女から未来を託された後、深遠から解放されたマトイを『おかえり』と受け入れた。

ロビー会話のシャオによれば「ありえない未来を生み出すのがプレイヤーの能力ではないか」と語られている。

【深遠なる闇】は完全なる力を取り戻すべく惑星ナベリウスを侵食しようとしていた。このまま侵食が行われれば【深遠なる闇】は本来の力を取り戻し、宇宙全てに広がり侵食を始め、宇宙全てが滅びる。
ナベリウス地表へ向けてワープトンネルを形成した【深遠なる闇】を阻止するべく、プレイヤーは六芒均衡やアークスの仲間たちと共に決戦へと向かう。
そこはマトイとの約束の場所。そして【仮面】と初めて出会った場所。プレイヤーにとって全てが始まった場所。始まりの惑星ナベリウス上空を舞台に宇宙の命運を賭けた戦いが幕を開けた。

模倣体として誕生したダークファルス・ダブルを撃破し、【深遠なる闇】を遮るバリアを解除。ワープトンネルに潜む【深遠なる闇】との戦いに突入する。
戦闘の最中、更なる形態に移行した【深遠なる闇】の極大攻撃（通称：天罰）が繰り出されそうになるが、直後、【仮面】と【深遠なる闇】の意識と思しき戦いが展開される。
【仮面】もまた未来のプレイヤー。偽物に負ける道理はなく、【深遠なる闇】の意識を抑え込むことに成功し、天罰のチャージは失敗に終わる。その際に生まれた隙をつきプレイヤーの手によって【深遠なる闇】本体は破壊された。
こうして【深遠なる闇】は「二人の主人公」と「仲間たち」の力によって撃退された……かに思われた。
フォトンそのものである【深遠なる闇】は無尽蔵に再生するため「倒すことができない」。
だがプレイヤーとの戦いで【深遠なる闇】が弱った際に支配権を取り戻した【仮面】によって時間遡航（じかんそこう）が行われ、【深遠なる闇】は復活直前の状態まで巻き戻された。それに伴い侵食されかけていたナベリウスも無事元の状態へと戻っていった。
しかしこの状態もいつまで持つかわからないとシャオは告げており、決して戦いが終わったわけではないのだった。

この功績によってプレイヤーはEP4において「英雄」と呼ばれるようになり、「守護輝士（ガーディアン）」の地位を授かることとなった。

なお、これまで称号には「英雄」のつくものはなかったが2017年2月8日～2017年3月8日に実装された超・上級者クエスト「輝光を屠る輪廻の徒花」をSランククリア（12分以内にクリアが条件）することで「深き闇に挑みし英雄」を獲得できる。
現在、この緊急クエストはバッジ交換で手に入るトリガーでのみ受注が可能となっている。

アフィンが弟であることを思い出し受け入れたユクリータ。【深遠なる闇】出現の影響か、彼女のフォトンを介して原初の【若人】ことアウロラが顕現していた。
アウロラは文明末期に存在したフォトナーであり、永遠の美しさとそれがもたらす栄華に固執した結果、ダークファルスの声を受け入れ、【若人】の最初の依代となったのだった。
彼女から【深遠なる闇】の正体や当時のフォトナーの在り方などが明かされたが、肝心の【深遠なる闇】の封印や倒し方については何もわからないままだった。

その頃、惑星リリーパの地下坑道にて異変が起きていた。突如として出現した壊世区域が活発に活動を始めていたのだ。
プレイヤーはアフィン、ユクリータ、アウロラを伴って調査に赴き、最深部にてアンガ・ファンダージと遭遇する。【若人】の力がアンガ・ファンダージを取り込んで封印から逃れようとしていたのだ。
アウロラは【若人】として過ごした日々の贖罪のため自ら創世器となり、ユクリータの力となった。仲間たちの協力によりアンガ・ファンダージは撃破されたが無数のダモスが現れその死骸を喰らってしまう。
【若人】の力は惑星リリーパに寄生する形で復活を迎え、事態を重く見たシャオの通信によりユクリータは協力者として呼び出される。それはプレイヤーたちとのこれまでのやり取りによって信頼を受けたということだった。
なお、設定資料によればアウロラが現れたのはまさに「贖罪」のためだという。

アンガ・ファンダージを喰らったことで復活した【若人】の力は「ダークファルス・アレプレンティス・ジア（以下DF・アプレンティス・ジア）」としてリリーパ地下に寄生していた。
なお、設定資料によればジアとは不完全体、もしくは幼体を意味するという。
不器用ながらもアークスに協力を申し出たユクリータとアウロラの頼みを聞き、プレイヤーたちはリリーパ地下へと向かう。

圧倒的な巨体と攻撃力を誇る新たな【若人】に対し、アークスたちはA.I.Sと新型フォトン粒子砲を以って最後のダークファルスに挑む。
DF・アプレンティス・ジアによる極大レーザーと新型フォトン粒子砲のせめぎ合いとなり、プレイヤーたちの後押しが加わったことで押し切り勝利。DF・アプレンティス・ジアは肉体を破壊され再封印された。
しかし倒したわけではなく再封印を施しただけの不安定な状態。

プレイヤーはこの後、ダーカー因子の浄化のため2年間コールドスリープを行うことに。
【若人】との完全決着は「ジ・アニメーション」にて描かれ、プレイヤーが眠っている間に育った新たなアークスであるアイカと、地球人のイツキたちに委ねられることとなる。

【深遠なる闇】との戦いの後日談であり、主人公はマトイ。スクナヒメと再会した後、サラ、クラリスクレイス、ヒューイ、カトリ、サガ、コトシロたちと黒の領域にある温泉へ向かう。
マトイの語りによれば、この時点でプレイヤーはアフィンらと共に任務に出かけており、コールドスリープに入る前の話であることが窺える。

EP3設定資料集のインタビューによれば、EP2のエンディングテーマは「マトイに対するシオンからの謝罪」で、
EP3のエンディングテーマは、「大丈夫だよというシオンへの返事」であるという。

【深遠なる闇】との戦闘の後、ダーカー因子の浄化の為にコールドスリープに入る。ちなみにドラマCD（ハルコタン見聞録）では冷凍前にアフィンたちと任務に向かったことが語られている。
膨大なダーカー因子を溜め込んでいたために浄化に時間がかかり、目覚めた時には【深遠なる闇】との戦闘から2年が経過していた。
2年の間にアークスの組織図も変わっており、記憶の整理も兼ねてシエラから現在の説明を受ける。
プレイヤーはマトイと共に守護輝士（ガーディアン）という役職（称号？）を与えられており、これは誰かの指示を受けずとも自らの意思で作戦に赴けることを意味するらしい。

目が覚めて早々、「出自不明のアークス」の調査をしてほしいとの指令をアークス総司令より受ける。アークスの「ヒツギ」と共に任務をおこうな一方で監視を続けるが、その最中謎の黒い影が襲来。ダークファルスにも似た異様さを放つ存在に不意打ちを受けるが「ヒツギ」に助けられる形で退ける。しかし直後に、影はヒツギに憑依するかのように結集を始めたため、プレイヤーのフォトンによって浄化された（されかけた）。
これによりプレイヤーとヒツギは「つながり」を得、一方的な形で彼女の行動を監視することができるようになった。

以下の内容はEP4設定資料集から記載。
EP4からプレイヤーとマトイだけに与えられた役職。六芒均衡に代わる新たなシンボル的存在。
アークスの指揮系統に束縛されず、自由に活動することを許可されている。艦橋には専属オペレーターとしてシエラがいる。
アークスの指揮系統が支配された時の対抗手段でもある。

窮地に陥ったヒツギとアルの姿をモニター越しに確認するプレイヤーとシエラ。シエラは位置座標を特定しアークスシップごと地球付近の宙域へと空間転移を行い、後を任されたプレイヤーはキャンプシップでヒツギとアルの元へ赴く。
プレイヤーは地球へと舞い降り、本性と正体を表した「マザークラスタ」の幹部「金の使徒」亜贄萩斗（あにえハギト）率いる「軍隊」を一瞬にして殲滅する。その時、プレイヤーの手にはコートダブリスが握られていた。
以降はこのコートダブリスをストーリー専用の武器として使用することになる。
続けて呼び出された「軍隊」にもヒツギと共に戦い抜き、疲弊を見せながらもハギトを追い詰める。逃走したハギトを追おうとするヒツギを諌め、ヒツギとコオリの別れを見送る。そしてヒツギとアルを連れてアークスシップへと帰還した。

プレイヤーにしてやられたハギトは逆上した末にエメラルドタブレットを暴走させ自らの姿を模した幻創種「ハギト・フェムト」と「幻創戦艦・大和」を生み出していた。
海上に現れた幻想戦艦は東京へ向けて進攻を開始。このままでは都市が砲撃される可能性があると見てプレイヤーたちは出撃。改良型A.I.Sに搭乗し幻想戦艦に空襲を仕掛ける。
プレイヤーの決死の特攻によりフリーズ弾を撃ち込み海上ごと幻想戦艦を凍結させることに成功。しかし、プレイヤーのA.I.Sも炎上・墜落。
無事脱出したプレイヤーらは幻想戦艦に白兵戦を挑むことになる。
道中で現れたハギト・フェムトの妨害を潜り抜け全ての砲塔を破壊することに成功したが、直後、ハギト・フェムトは幻想戦艦と合一を開始。
破壊された砲塔は復活し、更には飛行能力や潜水能力まで獲得して凍結から逃れる。対抗するべくプレイヤーは新たに投入されたA.I.Sに再搭乗し、決着をつけるべく再度出撃する。
海上の死闘の末、ハギトの執念も虚しく幻創戦艦・大和は大破。プレイヤーはおろかアークスの兵器にも勝つことはできず完全敗北を喫したのだった。

天星学園に戻ったヒツギの前に現れたのは、マザークラスタ「木の使徒」ベトール・ゼラズニィだった。彼はエンガの部屋を爆破すると続いてヒツギにも幻創種をけしかけるが、駆け付けたプレイヤーによって阻まれた。
この時はすんなりと引き下がったベトールだが、その後は東京各地を無差別に爆破しヒツギとプレイヤーを誘き出そうと行動を開始。
彼を止めるべくプレイヤーとヒツギはベトール討伐に向かう。その時、密かに駆け付けた友軍「アースガイド」の面々を率いてヒツギの兄エンガが登場。
幻創種の相手はアースガイドに任せ、3人はベトールを倒すことに成功する。その直後、マザークラスタの幹部たちが現れ、その一人、水の使徒オフィエル＝ハーバートは計画に失敗したベトールを処刑し立ち去っていった。

遥か昔から地球を守ってきた組織「アースガイド」。エンガの正体はその支部の構成員であった。彼を橋渡し役にプレイヤーはアークスの代表として、指導者サー・アーデム＝セークリッドと会談をすることになった。
ラスベガスに着くなりマザー・クラスタ「火の使徒」ファレグ＝アイヴズの襲撃を受け交戦。超人的な戦闘力を持つファレグと互角に渡り合うが、シエラによれば彼女は一切エーテルを使っていなかったという。
激闘の末、ファレグ「いずれは一対一（サシ）で勝負がしたい」とプレイヤーに言い残し立ち去っていった。
その後、アーデムとの会談中にラスベガスに幻創種が出現したためアースガイドと協力して駆逐した。

後日、ラスベガスに現れたオークゥ＝ミラー率いる「ラプラスの悪魔」をエンガと共に撃破。プレイヤーたちを弱そうと見ていたオークゥを驚愕させた。
しかし戦いの最中、単独行動をとっていたヒツギがコオリに敗北。致命傷を受けてしまう。突如現れたアルの力で一命は取り止めたものの、彼は気絶してしまう。
その隙をついてオフィエルはアルを連れ去ろうと転移の力を発動させるが、プレイヤーの一撃によって力場そのものを砕かれ阻止された。
が、今度はヒツギに狙いを定め、これは止められず連れ去られてしまった。

1人ヒツギの救出に向かおうとするエンガを引き止め、シエラの説得により同行する。そこでオークゥと[フル＝J＝ラスヴィッツ[>登場NPC/フル]]のコンビと交戦し、エンガと共に打ち破る。
しかしヒツギの救出劇そのものがプレイヤーを誘き出すための罠であった。オラクルの最大戦力でありアークスシップ内でも制限を受けることなく戦える存在だったため、オラクルから遠ざけさせ、その間にマザー率いる本隊がアークスシップを急襲し管制を奪取。本来の次元へとワープしたためプレイヤーは地球側の次元に隔離されてしまう。
しかし自身のフォトンとヒツギの持つ「PSO2に入る能力」を用いることでPCを通じてオラクルへ帰還。アラトロン＝トルストイの攻撃から間一髪マトイを助け、そのまま二人で幻創種の大群を撃破した。
艦橋に駆けつけるも時すでに遅く、アルは捕らわれマザーたちは撤退した後だった。

ラスベガスを襲撃したエスカダーカーとの戦いの中、コオリと遭遇。プレイヤーは彼女から「ヒツギを操っている張本人」と見られ凄まじい憎悪を向けられる。
が、戦いの最中にコオリの狂乱はオフィエルによる洗脳が原因だと判明する。皮肉にも本当に操られていたのはコオリだった。
コオリを退けた後、今度はヒツギとコオリにとって思い出深い場所である「天星学園」にて遭遇することとなる。
ヒツギとの思い出の場所を前に半ば正気に戻っていたコオリと協力してエスカダーカーの軍団を撃破するが、再びオフィエルによって洗脳されたコオリと戦うこととなる。
限界を超えるダメージを受けて死ぬままで戦いを辞めようとしないコオリを見て、ヒツギは親友を殺すことで止めようとするが、プレイヤーは殺す以外の方法があるはずだとヒツギを止める。迷いを振り払い浄化の力に目覚めたヒツギの太刀にプレイヤーのフォトンが宿り、浄化の一閃によってコオリを洗脳していたエーテルは完全に除去されたのだった。

コオリを仲間に加えた一行。正気に返ったコオリはプレイヤーをまったく恨んでなどおらず、それどころか「何でもします！」と明後日の方向に精一杯の謝意を見せてきた。
その後、マザー・クラスタとの決戦の地「月」の本拠地へと向かう。道中立ちふさがったアラトロンを仲間たちと共に撃退し、更に奥へと進む。
ついにマザーとの激突となり、仲間たちの力で互角以上に渡り合う。しかしマザーが弱った間隙を突き、彼女の中で眠っていたダークファルスが覚醒。マザーを取り込み依代にしてしまう。
エーテルとダークファルスの融合体となった新生ダークファルス「エスカファルス・マザー」と交戦。激戦の末にこれを沈黙させることに成功する。
そして駆けつけたマトイと共にフォトンの力で弱らせ、ヒツギにアルを救うように激励を送った。プレイヤーの声に応えたヒツギは浄化の一閃によりダークファルスの力を完全に浄化し、アルとマザーを救い出したのだった。
アルとの再会を喜び、マザーとも和解を迎えた直後、突如として現れたアーデムによりマザーは殺され*2吸収されてしまう。更にはファレグまで現れアーデムと一戦を繰り広げる。
事態についていけないプレイヤーたちを置き去りにし、アーデムはオフィエルの術式によりその場から姿を消した。
分かったのはただ一つ、アーデムは既にオフィエルを手駒とし、アークスまで利用していたのだった。

月面に残った膨大なエーテルと生き残ったエスカダーカーたちによる模倣体として「エスカファルス・マザー」が復活。
主たるマザーを失ったことで理性を持たない破壊の権化と化しており、地球に害を及ぼす可能性があるためプレイヤーは追撃することに。
月面を移動するエスカファルス・マザーをライドロイドで追撃し、やがて戦いの舞台は地球に向かって伸びる蒼き「幻創の柱」へ。
戦いの末、偽りの聖母はプレイヤーによって撃破された。肉体が崩壊しエーテルへと還元される中、聖母の影はまるで求めるように地球へと手を伸ばしていた。

マザー・クラスタとの戦いを終えアークスシップへ帰還。その後、来客として艦橋にいたファレグからの頼みで地球・ラスベガスまで送り届ける。
直後、アースガイドの人間が幻創種に変貌する様を目撃する。同時に異常進化した天使型の幻創種「エス・アンジェス」の一団が出現。
ファレグと共闘の末にこれを殲滅した。
もしもの時はヒツギに代わってアーデムを殺すことを覚悟した方がいいと忠告を受け、共に生き残れた暁には決着をつけたいと述べられファレグと別れた。

アークスシップに帰還後、エンガを始めとした面々から地球を守るのに協力してほしいと頭を下げられこれを快諾。
アーデムの暴挙を止めるべく、仲間たちと戦うことを決意する。

なお、EP4設定資料集によればアーデムとファレグの正体は、人類の祖アダムとイヴであり、夫婦。
人類に対する考え方の違いから対立していたという。

ヒツギ、エンガ、コオリと共に地球の中心へと続くアースガイド本部地下へ赴く。最初の壁としてオフィエルと遭遇し、時間稼ぎのため隔離術式に閉じ込められ対決となる。
しかしファレグの介入によって隔離術式は破られる。オフィエルの相手は彼女に任せ、一行はアーデムと対峙。
時既に遅く、アーデムは自身の体にエーテルを打ち込み「神」であるデウス・ヒューナスへと変貌。
（本物の神ではなくアーデムが変化した幻創種だが、人格は異なり力と神格は本物）
降臨した「神」の力は圧倒的で、プレイヤーは他のアークスやアークスシップ諸共オラクル次元へと返されてしまった。
だが「神」の内部に潜んでいたマザー、そしてシエラとアルの力により戦場へと帰還。
デウスと殆ど互角に渡り合い、一瞬の隙を生み出すことに成功する。そこに勝機を見出したヒツギの一撃により「神」は膝を突いた。
「神」はヒツギによって、アーデムはエンガによって説得され天へと昇って行った。マザーもまたプレイヤーの言葉により「復讐の終わり」を告げ、消えていった。
だがアーデムの数万年に及ぶ絶望が膨大なエーテルと結びつき、やがて新たなる「神」を具現化させるという。

エンディングではファレグから何度も一騎討ちを申し込まれては断っているという話をされている。
その後、学生となったアルを連れて来たヒツギと再会。3人でクーナの新曲に耳を傾けるところでEP4のストーリーは幕を下ろすのだった。

アーデムが遺した数万年にも及ぶ絶望と膨大なエーテルが結びついたことで、より凶悪に、より破壊の意志を宿した「幻創造神（デウス・エスカ）」が地球へ降臨。
地球中のエーテルを集め世界を作り変えようとしていた。
EP4設定資料集によれば、上記の「デウス」とはまったくの別物で、アーデムの絶望が反映された幻創種に過ぎない。アーデムの願いに答え、ただ地球の破壊と再生を行おうとするだけの存在になり果てている。

追い詰められたデウス・エスカは真の姿である「デウスエスカ・ゼフィロス」となりプレイヤーと死闘を繰り広げる。
戦いの最中、デウス・エスカは月へ向けて光線を発射。月の破片を地球へ落とすことで破壊を目論む。
しかし最期はプレイヤーによって討たれ、「神を越えた人の強さ」に驚愕しながら消え去った。

その後、より強い力をつけてデウス・エスカは「デウスエスカ・グラーシア」となって復活。プレイヤーは再度戦いを挑む（「創世を謳う幻創の造神」）。
破壊の力ではプレイヤーには勝てず、偽りの「神」は再び敗れ去った。

ロビーを歩いていると突然ファレグから通信を受ける。アーデムの騒動も納まったということで是非とも決闘を行いたいとのこと。
人でありながら人を超えた「力」を持つ魔人ファレグ。
仲間を助け、時には助けられ、力以上の「強さ」を得て英雄となったプレイヤー。
ロンドンのエスカタワーにて、アークスの英雄とマザー・クラスタの魔人がついに雌雄を決する。

一連の事件が収束したのち、ハギトは改心して慈善事業を始めていた。天星学園にあまりにも高額の寄付金をまとめて送り付けたためコオリを困らせてはいたが。
しかしエメラルド・タブレットを自らの現身とし、幻創戦艦・大和を召喚した際にエーテル操作能力を失った彼にはもうハギト・フェムトと幻創大和をコントロールする術はなく、彼らはその力を増すばかり。
他の使途が使役するエネミーまで呼び出し、大和そのものも火力を増していた。

再び現れた大和を沈めたプレイヤーだったが、直後にさらに強大になった天轟幻創戦艦・大和が出現（「大海に顕れし鋼鉄の巨艦」）。
より苛烈になった攻撃に対し、現状でのクラスの極致(メイン・サブ共にLv80)に達した精鋭3人を引き連れA.I.Sを操りこれを仕留めた。
こうして完全敗北を喫したハギト・フェムトは消滅した*3。なお、幻創戦艦・大和はハギト・フェムトの具現武装的存在とのこと。

直接の登場はないが、各女性キャラクターたちからプレイヤーに対する感想・想いなどが語られている。

シエラ：何でもかんでも押しつけようとしているわけじゃなくて、ちゃんと理由があって任せている。プレイヤーはそれだけズバ抜けた能力の持ち主ということ。
ユクリータ：守護輝士なんて聞こえはいいけど、いざという時コキ使いやすいようにフリーにしているだけ。
アウロラ：プレイヤーに頼り過ぎる。
パティ：先輩として色々教えてあげた（一方的に絡んでいただけ）。
ティア：当時からプレイヤーとマトイは素敵なコンビだった。
アイカ：地球の事件はプレイヤーでなければスムーズに解決はできなかった。しかし自分の方がアークスの先輩なので上下関係を遵守し、敬語等は使っていない（逆にマトイは大先輩だから敬語を使っている）。
なお、アイカはアウロラから自分にも敬語を使うようにと要求されたが断っている。
ユクリータに言わせると「フォトナーとアークスは立場が違う」とのこと。

ヒツギは（おそらく単独で）クエストに参加中のため出番はなかった。

登場人物として姿が描かれることはなかったが最終話のラストシーンに「アフィンの相棒」が登場。
10年前の過去から現代へ転移してきた二代目クラリスクレイスをアフィンと共に発見するシーンが描かれている。
同シーンでは、二代目クラリスクレイスのことを「名前も知らないアークス」に助けてほしいと願うシーナが描かれ、その願いはプレイヤーに託されるという形でエンディングを迎える。

地球での一件からシャオは具現武装「神剣・天叢雲」の特性に【仮面】救出のヒントを得て、協力の下に解析。*4
プレイヤーの武器(コートダブリス)に能力の複製再現を成功させ、アークスは【深遠なる闇】から【仮面】を救い出す作戦を決行する。
しかし、抵抗する【深遠なる闇】の空間転移にプレイヤーが巻き込まれて共に姿を消してしまい、作戦は失敗する。

プレイヤーは見知らぬ場所で意識を取り戻し、兵士たちに襲われる少女を助ける。
直後、プレイヤーは無事にオラクルへと帰還。それを実行したのは「初代クラリスクレイス」を名乗る少女・アルマだった。
彼女によれば地球側から流れ込んだエーテルによって全知存在の「夢」が具現化。先ほどまでいた見知らぬ場所がまさにその「夢」の世界であり、アルマはその世界をオメガと呼称する。
そして、姿を消した【深遠なる闇】はオメガと融合し、オラクルに巨大なブラックホールが出現させていた。
このままでは宇宙すべてが飲み込まれる危険性があるとし、プレイヤーとシエラは事態解決のために再びオメガへ向かう。

オメガを再訪すると不審者としてヴァルナに詰問されるも、助けた少女・ハリエットと再会。
彼女のとりなしにより恩人として迎えられると、彼女はプレイヤーを「伝承の存在」と呼ぶ。
シエラが詳細を聞こうとした時、召喚などにより生み出された「魔物種」の敵襲がそれを遮る。
プレイヤーもハリエットの元に駆けつけ、彼女が召喚を試みた対抗術「破界塔」を顕現させ「破界鎚」により無敵の魔神結界を突破。無敵と謳われた魔神城を破壊した。

ハリエットによると事の始まりは数十年前から世界中に咲き始めた「エフィメラ」という花にあり、それを起因とした魔神城やこの世界の情勢について語る。
プレイヤーがエフィメラへとフォトンを込めるようシエラに促されると、花が消失する。エフィメラの正体はダーカー因子の塊だという。
エフィメラの根絶を目的とするハリエットに、プレイヤーはアークスとして協力することになった。

兄上に会って欲しいというハリエット同行すると、そこにはかつて【双子】の体内で別れたはずのルーサーが居た。
彼は全知存在に再現された人間であり、プレイヤーと会ったことは無いと語るなどオラクルの記憶はない様子。
この世界のルーサーはエフィメラの研究をしている科学者であり、ハリエットの兄だった。
エフィメラには使用者の人格を攻撃的なものにさせるという致命的な欠点があり、エフィメラを用いて喚び出す魔神城による防衛を推していたクエントの宰相ルツが豹変。
エフィメラを排斥しようとした国王を暗殺、王女ハリエットと王子ルーサーにその罪をかぶせていたのだった。

ハリエット率いる革命軍の真意を見極めたルツの姪アリサを同行者に加え、革命軍はクエント王都へと進行。
ルツは魔神城を破られた後も抵抗を試みるも失敗。エフィメラを用いて王城を崩壊させ、一行を道連れにしようとする。
賭けに出たアリサの転移術によりプレイヤー達は無事に王城から脱出。崩壊する王城を見届けた。

ルツは倒れ、代わってハリエットが国王となったのもつかの間、北の国ヴェルンから使者メルフォンシーナ＝リースフェルトがやってくる。
ヴェルン皇国は皇帝シュレッガーによって内戦が起こっており、プレイヤー達に救ってほしいと懇願。
案内された集落ではヴェルンの戦士ゲッテムハルトが待っていた。
メルフォンシーナとゲッテムハルトもルーサーと同じくオラクルでは亡き者であり、オメガに再現された存在で、オラクルの記憶は持っていなかった。
皇帝が起こした惨状を知り、プレイヤーは協力を約束する。

プレイヤーとシエラがオラクルへ帰還するとダーカー襲撃が発生。マトイと協力して主力ダーカーを撃破した。
シャオによれば【深遠なる闇】によってダーカーの記録が改変されたらしく、能力が飛躍的に上がっていたという。

皇都に向かうプレイヤー達とヴェルンの戦士2人は道中、ヴェルンが得意とする肉体強化を施した「魔人兵」をシュレッガーの弟エルミル＝ヴェルンにけしかけられるも一蹴。
外道の行いに怒りを覚えつつ、皇都に辿り着いた一行は皇帝シュレッガーと対決する。
一度は倒れたシュレッガーだが、最後のあがきを庇ったメルフォンシーナの肉体を乗っ取り、ゲッテムハルトに致命傷を与える。
これもヴェルンが得意とする魔術の応用とのことで、プレイヤーも「シーナ」を斬ることができず、反撃で戦闘不能に追い込まれる。
しかし、瀕死のゲッテムハルトがプレイヤーに力を託し、プレイヤーは新たな力に覚醒する。
ダーカーのような姿へと変化したプレイヤーはオメガ・ヒューナルとなったシュレッガーと拳を交え、圧倒的な力で撃破する。
プレイヤーの力として遺ったゲッテムハルトはオメガに再現された記録に毒吐きながら、プレイヤーの精神に同居することとなった。

シュレッガーは倒れたがオメガに残された【巨躯】の力の残滓はオメガ・ヒューナルを模り始めていた。
真の力*5を解放したオメガ・ヒューナルに対し、プレイヤーは新たなる力・ダークブラストを用いて対抗。
破界塔へと向かう巨腕を砕いてオメガ・ヒューナルを打ち破り、魔神城の撃破に成功する。

ヴェルンから戻るプレイヤーの前に皇帝の弟エルミルが現れ「クエントが大変なことになっている」と嘲るように言い残し、姿を消す。
その言葉の通り、クエントでは崩壊した王城から伝説の紅き邪竜エリュトロン・ドラゴンが復活していた。
力の全てを発揮する剣の巫女・アリサの手で邪竜は倒されたが、エルミルの手でエフィメラと共にルツの怨念を宿し復活。
剣の力もエフィメラに通じず、劣勢となったその時にプレイヤーが駆けつけ、アリサと共闘して邪竜に挑む。
ルーサーがエフィメラを用いて術に干渉によって再生力を奪い取り、辛うじて邪竜の封印に成功する。
邪竜は一時的に姿を消したが、完全な封印ではなく、エフィメラによって再び姿を現すという。

旧クエント王城にエリュトロン・ドラゴンが再び姿を見せた。
プレイヤーはアリサからラコニウムソードの複製を手にして邪竜の弱点を突いて弱らせ、アリサによって再封印された。
その後も邪竜はドラゴン・アートルムとなり三度復活するも、邪竜の炎を退けたラコニウムソードの一撃によって今度こそ沈黙する。

ルーサーは邪竜の術式へ干渉した際に用いたエフィメラの作用により、限界を迎えていた。
彼はハリエットを拉致し、姿をくらませる。クエントを支えるヴァルナにハリエットの救出を託されたプレイヤーはルーサーを追う。
その道中、脳裏をよぎるルーサーの記憶の断片とその映像からルーサーの足跡を辿り、プレイヤーはハリエットの元へ駆けつける。
記憶が混濁するルーサーはダークファルス【敗者】の記憶を取り戻し、再び全知を得るべくオメガ・アンゲルへと姿を変えて襲いかかる。
一度は追い詰めるも、次々と喚ばれた眷属ダーカーと対峙する間に兄を見咎めたハリエットの手により、ルーサーは討たれた。

死に行くルーサーから力を授かり、プレイヤーはダークブラスト・ルーサーフォームへと覚醒する。
ルーサーはプレイヤーの精神に宿り、協力を約束。しかし「いずれ太古の絶望を知る」と不吉な言葉を言い残していた。

クエント峡谷カルデラ湖に【敗者】の反応が現れ、オメガファルス・ルーサーが顕現する。
ルーサーが言うには「【敗者】の残滓によってアカシックレコードの記録が偏向されたため具現した」とのことで、その力も「そっくりそのまま」とルーサーの折り紙付き。
だが、かつてダークファルス・ルーサーに打ち勝ったプレイヤーに「その程度なら君は倒してしまうんだろうね」とも語る。
オメガファルス・ルーサーを撃破し、トリガークエストにて再度復活するも、【敗者】は最期まで敗者として散った。

ハリエットの休息に護衛としてイス＝アルス国境のルイーザへと付き添うプレイヤー達。
ハリエットは「秘密の共有」として自らの過去を語り、かつてルーサーが行った遡行召喚により喚び出された「何か」により「ハリエット」は命を落としたこと、死体には別の魂が入り込み、それが今プレイヤー達の前にいる「ハリエット」であり、彼女も自分が誰なのかわからないと述べた。

一行の前にフローが現れ、遊びをねだられたハリエットとシエラは付き合うことに。
だが、フローの正体はイス＝アルス通称連合国の筆頭象徴であり、間もなく自由がなくなる立場。
ハリエットの問いかけにフローは答え、側近であるクラリッサと共に帰って行った。
プレイヤー達は何度目かの、見覚えのある姿の二人を見送ってハリエットの休息を終えたのだった。

守護輝士にも一時の休息かと思われた時、【若人】の依代となった4名が突如、同時に失踪。
オメガの異変と見てハリエットの元に向かうと、砂漠の国エピックを統治する神王マルガレータ＝オブ＝エピックが来訪する。
彼女は謎の四人組に国を乗っ取られた経緯を話し、解決の暁にはエフィメラの破棄条約も結ぶとハリエットに持ちかけ、協力することに。プレイヤー達は失踪との関連性から、エピックへ同行する。

謎の四人組「【若人】四天」の正体は、失踪していたアイカ、リナ、ユクリータ、アウロラだった。
マルガレータの望みに応えていると言い、困惑の振る舞いをする彼女らをプレイヤーが倒すと、元の世界へと帰っていく。
その中でオメガに居残ったユクリータとアウロラを帰すべく王宮へ同行すると、神王を騙した神官…エルミルが現れる。
神王の秘術で彼を消し去るも、遺したエフィメラ因子を移されたマルガレータは送還を強行。その後10年前の【若人】へ変貌。
マルガレータはその容姿から頑なに否定するが、その正体は【若人】の依代が幼き日の姿で再現されたものだった。
プレイヤーは激昂するオメガ・アプレジナを倒し、ハリエットの協力の下にマルガレータを因子から開放する。

マルガレータは大人(【若人】の依代)の人格をその身に救い上げていた。だがそのままでは、大人の精神が主人格になるという。
プレイヤーの提案により大人の方はプレイヤーの精神に同居し、マルガレータは元の肉体へと戻ることに。
こうしてプレイヤーはダークブラスト・アプレンティスフォームを獲得。
マルガレータとハリエットの無事も確かめ、エピックは救われたが、【若人】の力はいつの間にかその存在を消していた。

マルガレータから離れた【若人】はエピックの地底深くに潜伏し、完全体になる刻を待っていた。
マルガレータから要請を受けたプレイヤーとシエラらアークスは「自走式高出力フォトン粒子砲」を率いて【若人】討伐へ向かう。

最深部に潜伏する【若人】にはフォトン粒子砲は通用せず、反撃で「自走式高出力フォトン粒子砲」は大破。
完全体の【若人】オメガファルス・アプレンティスはエピック上空へ飛翔。プレイヤーは、ダークブラスト/ルーサーフォームの力で空中戦にて追撃。【若人】を砂漠へと墜落させる。
【若人】は這ってでも戦う執念を見せて最後の力で再び飛翔するも、アークスたちの力を結集した合体技「スターゲイザー」で一刀両断にされ、エピックの空に爆発四散した。

トリガークエスト「砂都に迫りし女王の悪夢」では倒された【若人】が再出現。
その戦闘能力も完全体となり、エピックの街へ侵攻を開始する【若人】を阻止するべく、再び守護輝士はダークブラスト/ルーサーフォームで飛翔。
再度足掻く【若人】に対してアークス達はコートエッジへと力を束ね、「スターゲイザー」の一撃で完全撃破する。

ヒーロークラスの戦い方を皆に伝えるいい方法はないかと悩むストラトスに、クラリスクレイスはプレイヤーとストラトスが戦うことを提案する。
…それがいつの間にか、ヒューイとクラリスクレイスら主催の「守護輝士 対 戦闘部若手のホープ」という、かつての「戦技大会 エキシビジョン」の様相となっていた。
しかし試合開始の直前、突如多数のダーカーが市街地を強襲。ストラトスは急ぎ救助へと向かってしまう。
ヒューイらに助力を頼まれ、多勢に無勢の状況にあったストラトスに加勢。そのまま協力して民間人たちの救助に回る。
強力な敵との戦いの最中、ストラトスはプレイヤーの後ろ姿に、かつて自分を助けてくれた「あの人」の面影を見る。

その後、休養から戻ったストラトスは感謝を述べる。そして彼/彼女こそが「私のヒーロー」だったと知り、感謝を重ねる。
ストラトスもまた「誰かのヒーロー」になるべく、プレイヤーにヒーロークラスの教えを乞うのだった。

イス＝アルス側から大量の魔物種と【双子】の眷属ダーカーが出現。
ハリエットらクエント軍と共にプレイヤーも迎撃へと向かうも、無尽蔵に湧き続ける敵を前に撤退を意義なくされる。
かつて訪れたルイーザまで退くとクラリッサが現れ、エルミルの手によってフローが豹変し、この事態を引き起こしているという。
ハリエットと再会の約束をしたプレイヤーは、クラリッサと共にイス＝アルスの中枢へと向かう事となる。

その道中、幾度も【双子】・女と遭遇。オメガ・ダリルとなった彼女を撃退するもダメージを与えられない。
そしてルーサーと同様に、交戦の度によぎる記憶の断片には密室の中の被験者フローと、研究者クラリッサの姿があった。

ついにフローの元へ辿り着く一行。だが、これは守護輝士という新たな玩具を求めた彼が仕組んだ罠だった。
クラリッサは既に殺されて模倣体となり、守護輝士を連れてくる餌として使役されていた。
フローはオメガ・ダランブルに変貌。【双子】との「遊び」に付き合わされるプレイヤーはこの戦いの意味を問うと、フローはオラクルとオメガの記憶が混濁し、動きを止める。
そこへ「オラクルのクラリッサ」が姿を見る。彼の欲望の根源を伝え、彼女の導きと共にフローの魂を救い出す。

プレイヤーは依代となったフローの精神と触れ、もう一人のフローであるフラウ(【双子】・女)も姿や正体を表す。
「きみのようなおかしな香り」がする、依代達を利用した者を倒して「原初の願い」を果たすべく、プレイヤーの力になることを約束。ダークブラスト・ダブルフォームを獲得する。
しかし、それと同時に【仮面】の面影を見たプレイヤーはその場で気を失ってしまう。

目覚めるとフローとクラリッサの姿はなく、シエラによれば生み出されたものと共に消えたという。
イス＝アルス中枢から急ぎクエント防衛線に戻ったプレイヤーは約束通りハリエットと再会。だが、魔物種の軍勢は留まることはない状態だった。

全知存在によってイス＝アルスにオメガ・ダランブルが再現された。
増殖され戦場に現れるオメガファルスのヒューナル形態たち、そして更なる魔神城バスターバレスをプレイヤー達は打ち破る。

イス＝アルスの最前線で敵を蹴散らすプレイヤー達。そこで地鳴りと共にハリエット達の本陣に異変が起こる。
駆けつけるプレイヤーの前へエルミルが現れ、彼/彼女を「センパイ」と嘲笑い、残る謎を「答え合わせ」さながらに語る。(エルミルの語りの詳細はエルミルの同章を参照)
その後、ブラックホールの変異を察知したオラクル側により一旦オメガを離脱する。

プレイヤーは急変した現状と情報を共有。オラクル、オメガ共に厳しい状況を苦慮する彼/彼女を、依代たちの因子と共に集った【仮面】の声が鼓舞する。
オラクルはシャオ達に任せ、プレイヤーはオメガのクエント国へと戻ると、剣の巫女とエピック神王の誘導によりクエント国民は大規模な避難を開始。
ハリエットの居ない状況を察した二人は、これまでの恩と実力から頼るべきは守護輝士と協力を約束。ハリエットを救うため一行は黒き繭を目指す。

絆を結んだ二人と依代達、異世界オメガが果たした奇跡、そして「英雄」に鼓舞された兵士達も集い、プレイヤーはついに繭へと辿り着く。
なおも余裕を崩さないエルミル(ペルソナ・エルミル)を退けるも、繭から切り離してハリエットを救うプレイヤーの一断ちの前にエルミルが割り込む。
自らを貫く、その武器に複製された「能力」をまんまと利用したエルミルは「本来の器」を得てエルガ・マスカレーダへと変貌する。
激戦の最中、依代たちがプレイヤーの元に復帰。ダークブラストの連撃を叩きつけ、さらに【仮面】の力を宿した一撃によってエルミルを撃破。エルミルに取り込まれたハリエットの魂に触れる。

ルーサーと共にハリエットの魂に生きる意思を与え、プレイヤー達はハリエットと共に生還。
アリサやマルガレータと約束の再会を喜ぶも、続いて現れたエピックの「神」はハリエットの消滅を告げる。
そこで「神」は二人が「神」の縁者を救った礼として、ハリエットに「神」の肉体と役目を与えた。
新たな「神」となったハリエットから別れの言葉を受け取って見送り、プレイヤーとシエラも異世界オメガでの役目を終え、残る二人に見送られて異世界オメガから離脱。
オラクルへの帰還と共にブラックホールは消失、シャオによれば【仮面】や【深遠なる闇】の反応も完全に消失。
異世界オメガでの一連の事変を終息させ、守護輝士たちとシエラは一時の休息を得る。…かのように思われた。

オラクルのシップ内で、オメガの存在のはずのヴァルナと再会。困惑のまま、「彼の主」の下へ同行。
そこには、ハリエットと酷似した姿の、異次元からの来訪者「終の女神シバ」が待っていた。
シエラは対話を試みるも、緊急警報を発令。マトイと共にシバと交戦するも、その圧倒的な力からマトイを庇った際にコートダブリスが破損する。
この場はとある介入者により凌がれるも、シバは拡声器でオラクルへ大々的に宣戦布告する。
自らを「全知存在が生み出した始まりの器」、プレイヤーを「終わりの器」と言い、彼/彼女を壊すことで世界も壊すと言い残し、シバは従者と共に姿を消した。

【深遠なる闇】は消滅し、そのエネルギーは「終の女神」が次元を渡るための糧にされた。
しかし残滓とエルミルの怨念が結びつき、異世界よりダークファルス・ペルソナが形を成して出現。
プレイヤーの魂に引き寄せられ、復讐を果たすべくオラクル船団の前に立ち塞がるペルソナに対し、アークスは総力戦での撃退作戦を発令する。
死闘の末ダークファルスと【深遠なる闇】の力を歪に取り込んだペルソナを打ち砕き、プレイヤー達は消滅する次元の裂け目から帰還を果たした。

その後、再び変質空間の反応が出現。より凶悪な力を身につけてダークファルス・ペルソナが復活する。
再出撃したプレイヤーによって『一つの結末』に必死で抗わんとするペルソナを撃破。最後まで「センパイ」を超えることなく消え去った。

「龍の病」のヒ・ロガ戦後に新規ムービーが追加。
プレイヤーは狂乱するヒ・ロガの背中に飛び乗り、能力を用いてダーカー因子を吸収して正気を取り戻させる。
アルマの解説によれば、これは六芒均衡でも持たない稀有な才能であるという。

またルーサー初登場時、アルマのコメントにより彼の肉体（容姿）は初代カスラの肉体を乗っ取ったものであることが判明する。
ただし設定資料には「乗っ取った後にフォトナー時代の姿に整形した」と記されており内容が矛盾する。

ゼノ救出での【巨躯】戦後に新規ムービー追加。
【巨躯】の攻撃からサラを救うプレイヤーの姿が描かれた。
攻撃を防いだ際にサクリファイスバイトのようなエフェクトが出現し、
【巨躯】から因子を喰らいヒューナル形態を解かせたと思える描写がある。
EP3でやったユクリータ関連、サラとクラリスクレイス、【巨躯】退場などはこちらにまとめられた。
そのため時系列が異なったり、矛盾を避けるためかキャラの台詞の一部が削除されている（【双子】がプレイヤーに目をつける台詞など）。

プレイヤーを送り出すクーナの衣装が偏向されたくらいで特に追加シーンはなし。
【若人】複製体の登場する経緯が入れ替わっているためシャオとのイベントシーンも一部が削除され、タイトルが変更されている（【闇を抱いた歴史】など）。
そのため中盤まで一貫してハルコタンを舞台に【双子】と戦う物語となっている。

●PSO2esでの主人公
初期に実装されたストーリーではパラレルということだったが、新たに実装されたジェネらとのストーリークエストではEP4の時間軸であることがPSO2放送局にて説明された。
ダーカーバスターズなるチームに所属しており、仲間からの呼称は「リーダー」。
ジョークの節はあるが「俺たちが仮に創世器を使用したら力負けして干物になってしまうかもしれない」とNPCブルーノから言われており、こっちほど宿命の戦士という設定ではない模様。
また不完全なダークファルス相当の存在であるラスボスにもプレイヤー一人では勝てない旨の台詞が存在する。
とは言えセラフィやジェネを始め多くのウェポノイドからも上級アークスとして実力の高さは評価されている。
ストーリーがNPC同士の会話劇が中心になっており、主人公は然程目立たない立場にある（選択肢がたまに出るだけ。主にジェネの背中を押す内容が多い）

Season2-2では本家側からの初出場となるクーナが出ており、最終章で「久しぶり」と互いに挨拶を交わした。
更に選択肢の頻度も増え、敵からも強者と認識されるようになり存在感がぐっと増した。ただし話の中心になるのはジェネであることが多い。

Season3からは話の中心に主人公も立つようになり、選択肢の頻度が更に増えた。新ヒロイン・アフタルとの絡みも多く、やはり敵側からも存在を強く意識されている（友好的な意味で）。
戦闘においても主人公がいないと勝てなかったという状況説明が多くなった（その代わり敵勢力がかませ犬扱いになるというパターンも増えている）。

●その他の作品での主人公
小説「ファンタシースターオンライン　サイドストーリーズ」では直接の登場はないものの、主人公らしき人物がアザナミとイオの会話の中で紹介されている。
内容は、優秀なアークスなのでアザナミがブレイバーに勧誘したいというもの。ただし主人公がアークスになった「A.P.238/2/20」ではなく、「A.P.237/12/20」の頃にアークスになっているというのでゲーム内容とは矛盾する。

PSO2es公式WEB4コマ漫画「うえぽの！」および「うえぽの！テイスティ」にも登場。性別は男。台詞はあるが吹き出しではなく背景に直接書かれているのと、ギャルゲーの主人公みたいに前髪で目元が隠れて素顔が描写されないのが特徴。ウェポノイドたちにモテモテとなっている。メンバーの中では常識人のせいかもっぱらツッコミ役かキャラの濃い仲間たちの騒動に巻き込まれる役割（仲間たちがまったり話をしているなか孤軍奮闘したりなど）。公式による創作物では初めてキャラクターとして登場した。本編ほど歴戦の戦士的な活躍はないが、鬼頼りになる主人公という紹介文がついた。

アニメ「ジアニメーション」では残念ながら存在を語られることが一切ないが、ゲーム中にイツキたちが登場した際はアイカなどからプレイヤーの話を聞かされており、存在を知っているという設定になっている。

PSO2es公式WEB4コマ漫画「恋やかんギャラクシー」にも「リーダー」として登場。口癖は「うむ」。こちらは生真面目なスポ魂的な青年で、ジェネたちにドッジボールや野球を勧めている。かと思えば暇な時は手相占いをしていたり、ブルージーレクイエムの誘惑を「俺は貧乳派だ!!!」と一蹴したりとイマイチ掴めない性格。また何かしら反応する時は身振りではなく、身体が震える描写が多い。

同じくPSO2es公式WEB4コマ漫画「ぎゅ。」では珍しく「rtfぎゅhkl」という…名前(？)と、「ランダム」なキャラクリで形成されたデモニックフォークと混同される…先鋭的かつ形容しがたい姿で登場。基本的に無口、クラスはハンター。ゲスト寄稿では先鋭化した身体で敵を串刺し、本掲載ではツボ押しに活用、なぜか自分自身がカタナカテゴリに収まっている、ラッピーがラッピースーツを着ているかのように服を着ている…など見た目通りの異質さ。呼び方は「rtfぎゅhkl さん」「ぎゅ～さん」「リーダー」と様々。一切台詞を発することがなかったが後に喋れる（しかもリリーパ族の言葉を翻訳できる）ことが判明。アネットに大層驚かれた。